Python for Bioinformatics

Instrutor: William Sdayle Marins Silva 

1 Introdução


No inicio do mini-curso podemos abordar conceitos relacionados a programação.
• Linguagem Interpretada
• Orientada a Objetos
• Tipagem Fraca
• Alto desempenho em processamento de dados
Quais pontos o uso da linguagem pode auxiliar no desenvolvimento de pesquisas cientificas
relacionadas a Bioinformática e Ciência de dados.
• Sequenciamento de DNA
• Processamento de Imagens
• Aprendizado de Máquina

2 Variáveis


Ao longo de cada tópico, poderemos nos aprofundar um pouco mais na técnica de programar
utilizando a linguagem Python. Nesta seção poderemos apresentar quais são os tipos de
dados ou variáveis suportados pela linguagem e apresentar exemplos. Também, realizando
uma breve apresentação do que são variáveis.

• Números
– Inteiros - Int
– Pontos Flutuantes - Float
• Variáveis binarias - Falso ou Verdadeiro
• Caracteres - Char
• Frases - Strings
• Listas
• Dicionários

3 Estruturas Condicionais

Nesta seção podemos abordar quais são as estruturas condicionais que estão presentes na

linguagem. Uma breve apresentação de o que são estruturas condicionais e para o que po-
dem servir. Também abordando as operações de comparação que podem ser efetuadas no

momento das condições.
Estruturas de Repetição
• if
• elif
• else
Operações de repetição
• == - Igual a
• > - Maior que
• < - Menor que
• >= Maior ou igual a
• <= Menor ou igual a
• != Diferente de
• or - Pode ser uma condição ou outra
• and - Deve ser ambas condições

4 Estruturas de Repetição

Nessa seção podemos abordar todas as estruturas de repetição da linguagem, apresentando
exemplos em código e diferenciando o uso de cada uma delas.
• while
• for each

5 Manipulação de arquivos

Nessa seção começaremos a deixar mais aprofundado o uso da linguagem, após ser apresen-
tado assuntos como variáveis, condições e repetições, podemos então abordar alguns assuntos

específicos, como a manipulação de dados. Podemos abordar leitura e escrita de arquivos
utilizando apenas a função open.
• Leitura e abertura
• Escrita e fechamento

6 Expressões regulares

Em cursos relacionados a Bioinformática, geralmente estamos relacionando dados a sequên-
cias de informações biológicas de algum organismo. Com o intuito de encontrar sequências

específicas em uma cadeira, podemos utilizar expressões regulares para nos auxiliar a enten-
der alguns padrões na cadeia. Para esses exemplos poderemos utilizar a biblioteca regex.

• Reconhecimento de padrões
• Alteração em cadeia

7 Bibliotecas para manipulação e visualização de dados

Por fim podemos aplicar diversos exemplos que envolverão todos os tópicos abordados no
mini-curso. Para manipulação e visualização dos dados, poderemos utilizar as bibliotecas
NumPy, Pandas e MatPlotlib.

Nessa seção podemos aplicar exemplos visuais utilizando gráficos, mostrando cada estru-
tura a ser apresentada pelos métodos de cada biblioteca.

• Gráficos
• Matrizes
• Histogramas

8 Requisitos

Plataforma de desenvolvimento Colab, disponibilizado pelo Google. O participante precisa de uma conta Google para acessar a plataforma de codificação online.